1、造成心理障礙：生殖器皰疹的發生和復發會造成病人思想負擔過重，致使患者害怕致癌、害怕傳染給性伴侶、回避與性伴侶的性生活、不愿與異性交往、導致性功能障礙，影響家庭和睦，甚至發生抑郁癥。
2、引起反復發作：一旦染病.病程長，反復發作，纏綿不愈，難于控制，這是它的特點。第一次皰疹病毒感染后1年內有將近60%的患者復發.第一 年可復發4-6次，以后次數減少。復發一般都在原處，但水皰數目持續時間扣自覺癥狀均比原發者輕，淋巴結不腫大。
3、嚴重影響生育：男性患生殖器皰疹，將生殖器皰疹病毒傳染給妻子，妻子懷孕患生殖器皰疹可能會引起子宮內感染和新生兒皰疹感染，導致流產、死產、新生兒死亡或發生嚴重后遺癥。約半數以上的新生兒皰疹患者會死亡或遺留中樞神經系統的后遺癥。
4、導致病人易患艾滋病：在艾滋病流行地區，生殖器皰疹還為艾滋病病毒進入人體提供通道和便利條件，從而增加了患艾滋病的危險性。
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